Ещё об эффективности вакцины

[green_fr]

Мои выкладки по поводу эффективности вакцины были сделаны реально «на коленке» — они давали общее представление об эффективности, не учитывая возможной разницы между популяциями вакцинированных и невакцинированных. На днях Le Monde рассказал об исследовании, которое разобралось и с этим фактором (заодно это и самое большое в мире исследование — изучали истории 22.6 миллионов человек, к сожалению только 50+ лет). Изначально сравнивали похожие профили, а затем ещё и почистили результаты, чтобы исключить влияние посторонних факторов (например, того, что прививались скорее здоровые люди, тогда как больные зачастую опасались прививаться).

Результат, очевиден. Ну или скажем так, если бы результат был каким бы то ни было другим, об этом написали бы все газеты. А приходящие вовремя поезда неинтересны никому. Тем не менее: все 3 исследованные вакцины (Pfizer-bioNtech, Moderna и AstraZeneca) снижают примерно в 10 раз вероятность серьёзно заболеть (=попасть в больницу во Франции). Что самое смешное, эффективность самого популярного (в прямом смысле — все хотят) Pfizer в итоге самая низкая из трёх, пусть и ненамного. Аналогично снижается вероятностью умереть.

Второй результат чуть менее очевиден — эффект вакцины держится примерно на том же уровне через 5 месяцев после вакцинации. Срок 5 месяцев не потому, что потом всё плохо, а потому что данных было только на 5 месяцев — что дальше, пока никто не знает. С одной стороны, цитируют американское исследование, вроде как показывающее аналогичный эффект на 6 месяцах (в США начали вакцинировать чуть раньше). С другой — израильское исследование третьей дозы, которая вроде как улучшает защиту, но сравнивать с первыми двумя исследованиями сложно, потому что там очень короткий промежуток наблюдения после третьей дозы.

---

Друзья, в прошлый раз мне совсем было грустно читать комментарии. Давайте писать по существу? Меня в этой теме интересует исключительно математическое исследование вопроса. Нажива биг фармы, всемирный заговор, а также сам факт существования или нет вируса — меня не интересуют. Да даже и будущее человечества или демократии тоже меня не интересует в рамках этого поста, поскольку оно никак не следует из описанного исследования.

Второе: прежде чем нажимать на кнопку Send, перечитайте свой комментарий. Всё ли в нём будет понятно вашему собеседнику без дополнительных вопросов к вам? Если нет — затрудните себя, напишите сразу. Меня не интересует повышение количества комментариев к этому посту / рейтинга этого журнала, меня интересуют связная речь и интересные собеседники. Если они со мной не согласны — это даже лучше. Но выражающие несогласие связно и понятно :-) Либо задающие вопросы (аналогичным образом).

Comments

[parizanka.livejournal.com]

Читаю на странице 8 параграф 2.2
Afin de rendre comparable les groupes « vaccinés » et « non vaccinés », nous avons constitué des couples (1 personne vaccinée et 1 personne non vacciné), en appariant chronologiquement (de 27 décembre 2020 au 30 avril 2021) chaque sujet vacciné à un sujet non vacciné à la date de vaccination (ou date index) de mêmes âge (même année de naissance), sexe, région administrative et type de résidence (EHPAD et USLD avec/sans PUI (pharmacie à usage intérieur)). Ces informations constituent les variables d’appariement. Les sujets non vaccinés (témoins) ne pouvaient être appariés qu’à une seule personne vaccinée. Si un sujet témoin était vacciné au cours du suivi, le suivi était aussitôt arrêté pour l’ensemble du couple auquel il appartenait, puis le sujet nouvellement vacciné était de nouveau éligible pour être inclus dans la cohorte en tant que vacciné.

Из прочитанного делаю вывод, что порядка миллиона человек посчитали дважды, сначала как невакцинированных, потом как вакцинированных. Ты не считаешь, что это немного проблематично?

Также как и то, что те, кто вакцинировался раньше других в данной когорте, довольно быстро выводились из исследования (как только в их "паре" невакцинированный получал прививку). И если эта догадка верна, то исследование просто не могло заметить снижения эффективности прививки во времени (как это было замечено в других странах, исследования в которых ты почему-то не хочешь смотреть).

Извини, я перестану писать комментарии и больше тебя не потревожу. Моя цель не доказать неэффективность вакцин (которая, кстати, все же сильно во времени снижается), но серьезно относиться к исследованию, заказанному министром здравоохранения, не прошедшему ни одного peer review, вышедшем ровно за два дня до того, как в сенате будет рассматриваться вопрос об обязательной прививке от ковида для всех групп населения, и доказывающему совершенно обратное тому, что происходит в других странах — просто невозможно.

[kalvado.livejournal.com]

опять прекрасная тема для обсуждения (косится на Зеленого) чисто техническая стороны сбора данных для исследования на людях, Особенно в условиях когда сбор статистики — вторичное действие, а в первую очередь надо спасать. И как учитывается опыт лечения — например фильтрация кого в больницу, кого на дому — в статистике, это тоже вопрос неочевидный. вряд ли сильный фактор.
Хотя понимание нужных режимов ИВЛ, видимо, на смертность повлияло заметно.

[green-fr.livejournal.com]

Они написали, как именно собирали данные, но там как раз куча французских акронимов :-) В двух словах — им дали и доступ и право работать (в смысле перекрёстных запросов — эта тема долго во Франции обсуждалась, и пока что был запрет) с базами государственной страховки.

По поводу же учёта опыта лечения — мне не совсем понятно, зачем это нужно делать? Они же сделали ещё более крутую штуку, учтя побочные эффекты, параллельные болезни и прочая и прочая.

[kalvado.livejournal.com]

Ну да, о том и речь — массовая статистика оказалась сложной и законодательно и технически. И возможна в странах с централизованным здравоохранением.
K сожалению не вижу английской публикации — даже имен авторов не вижу — и прочитать исходник не могу.

А опыт лечения — ну как бы (fiztekh finished!) эргодическая теорема и ее влияние на данные, да.

[mudravrik.livejournal.com]

Мне показалось, что в последние недели научное сообщество склоняется к тому, что защита от госпитализации и смерти если снижается, то не существенно. Израильские цифры показывают хорошую защиту, хоть прошло уже 8-9 месяцев.
Было бы любопытно посмотреть на недавние исследования, показывающие обратное, если у вас есть ссылки (на всякий случай — спрашиваю in good faith)

[green-fr.livejournal.com]

Я цитировал по статье Le Monde, они ссылались н израильское исследование (вот это (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255?query=WB&cid=NEJM+Weekend+Briefing%2C+October+9%2C+2021+DM361736_NEJM_Subscriber&bid=647928160)), но я за Израилем правда совсем не следил. Не следил не потому, что "бытовой антисемитизм" :-) А именно из-за отсутствие контекста — во французских исследованиях я хотя бы что-то понимаю (что за базы данных, что за терминология), не говоря уже о шкурном интересе (если какие-то факторы не учитываются в исследованиях явно, то мне нужны результаты того исследования, которое учитывает эти факторы неявно, самим выбором данных).

[kalvado.livejournal.com]

вообще хороший обзор ИМХО ( НЕ показывающий обратного) тут:
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02046-8/fulltext

[trueview.livejournal.com]

Нам долго рассказывали о "коллективном иммунитете", который должен защищать население в целом. Вот мы и должны его использовать. Главное в этом слово "коллективный".

Эффективность борьбы государства нужно рассматривать в целом: вакцинация, локдауны, маски и т.д.

Так вот с 1 июня по 30 ноя 2020 от ковид в Израиле умерло 2580 человек. А за тот же период 2021 — 1786. Далее пришел омикрон.

Нет даже двукратной эффективности борьбы. И совершенно не важно, что там было в разных возрастных когортах. У государства были иные способы борьбы, которыми оно не воспользовалось — локдауны в 2021 в Израиле не вводились.

Давайте посмотрим на "коллективный иммунитет" в Израиле.

С 1 июня 2020 по 31 мая 2021: CFR = 0.744%
С 1 июня 2021 по 15 дек 2021: CFR = 0.355%

0.744% / 0.355% = 2,095

Вот это и есть реальная защита вакцинации от смерти для среднестатистического жителя Израиля. И мы еще забыли, что число тестов в последний год почти удвоилось.

[green-fr.livejournal.com]

А расскажи, что именно проблематичного ты видишь в этом методе? По обоим пунктам — и "двойной подсчёт", и "выведение из исследования". Правда, интересно, что именно ты здесь видишь неправильного.

А писать — пиши, но если можно вот таким же тоном, как этот комментарий, а не как предыдущий. Правда, мне интересно разговаривать, а не соревноваться в том, кто кого удачнее подколет.

[parizanka.livejournal.com]

Извини пожалуйста, я не хотела тебя задеть. Специальной цели подколоть не было.

По теме вопроса, что не нравится.

"выведение из исследования" — то, что вакцинированные выпадали из исследования, не позволило их проследить дальше. Мы не знаем, болели ли они дальше ковидом, умирали или нет. Это огромный "упс" и мне трудно поверить, что это сделано случайно.

Представь себе совершенно гипотетическую, неправдоподобную ситуацию, что 100% привитых заражаются ковидом в течение 4 месяцев и умирают? Если к этому времени их вывели из исследования, то исследователи этого не увидят".

О, нашла, на странице 11 исследования: "Au total, 3 645 744 sujets vaccinés et 3 645 744 témoins ont été inclus : 2 486 060 (40,5%) sujets inclus uniquement dans le groupe « vaccinés », 2 486 060 (40,5%) sujets inclus uniquement dans le groupe « non vaccinés » et 1 160 913 (19,0%) sujets initialement inclus dans le groupe « non vaccinés » puis devenus vaccinés par la suite et donc inclus successivement dans le groupe « non vaccinés » puis le groupe « vaccinés ».

То есть если 1 160 913 человек вакцинировались во время исследования, то их пару , те же 1 160 913 вакцинированных, выкинули из исследования на ранней стадии. Это очень много, и в нашем гипотетическом случае 100% ной смерти от ковида, мы теряем 45% данных.

[green-fr.livejournal.com]

Давай предположим, что вакцинированных выводили из исследования не случайно, а с какой-то целью. Как это можно было устроить? За неделю до того, как вакцинированный заболел, найти его пару и насильно вакцинировать? Или как ты себе это представляешь?

Твоя "совершенно гипотетическая, неправдоподобная ситуация" при этом тоже не работает — ведь не 100% вакцинированных не дошли до конца исследования, кто-то да и остался (его пара не вакцинировалась в течение наблюдаемого периода). И тут он заболевает — мы немедленно видим его результат в исследовании.

По поводу "потери 45% данных" я снова не понял. Ты же нашла чёткое описание того, как человека последовательно включили сначала в одну группу, потом в другую — а вывод делаешь, что этого человека вообще не учли.

[kalvado.livejournal.com]

вопрос насколько честно пары подбирались и держались загодя.
Если честно, я бы скорее пытался вводить весовые коэффициенты, а не просто выкидывать куски данных.
Полного описания процедур я не вижу, видимо просто спаривание и прямое сравнение как вы описываете — и мне они кажутся допустимыми, но сильно неоптимальными и чувствительными к неосознанной подгонке.

[parizanka.livejournal.com]

К честности подбора пар у меня тоже есть претензии, но я пока не могу позволить себе их сформулировать.

Пока что могу только процитировать само исследования (таблички на страницах 16-18). Среди невакцинированных больше:

— на 120 тыс человек из "непривилегированных слоев общества" (попросту бедных) — indice de défavorisation
— на 125 тыс человек из группы "слабого здоровья" — fragilité
— на 57 тыс диабетиков
— на 38 тыс больше сердечников
— на 20 тыс больше людей, уже имевшими в прошлом инфаркт или инсульт
— на 6,8 тыс больше алкоголиков
— на 4,4 тыс больше человек "испытывающих проблемы со здоровьем ввиду курения"
— на 1,2 тыс больше людей с клиническим ожирением

причем это собрано не со слов испытуемых (с ними вообще никто не разговаривал), это достаточно серьезные медицинские проблемы, чтобы быть записанными в медицинское досье.

выводов пока нет.

[green-fr.livejournal.com]

А можешь сформулировать, что ты при этом чувствуешь? Вот ты читаешь исследование, и к каким-то фактам у тебя почему-то есть претензии, но пока что не конкретные. Откуда они взялись? Есть вариант — просто отторжение результата, вот и хочется найти ошибку то ли в данных, то ли в методологии, то ли в логике. Но это же совсем дно. Или какой ещё есть вариант? Откуда могут появляться претензии без оснований?

То есть, я прекрасно вижу это на себе. Если завтра кто-то опубликует исследование, говорящее, что вакцина повышает смертность от ковида — я буду читать исследование до дыр, пока не найду в нём ошибку. Но пока не найду — у меня не будет "претензий" или даже "подозрений" — только страстное желание их обнаружить :-) То есть предвзятость есть, но нельзя же давать ей верх, даже внутри себя, не то что снаружи.

[kalvado.livejournal.com]

Ну вообще внутрнние несоответствия обычно видны. Где-то что-то недоговорено, излишне сложные методики без обоснования.
То есть как тут про DRESS упомянуто было — я смотрю критику и защиту... Ну видно подгонометрию же. Я лабы и сдавал, и принимал, я просто вижу...

[parizanka.livejournal.com]

Cаша, при чем тут мои чувства? Отдельно спасибо за дно: значит, подкалывать в этом журнале можно только в одну сторону, так?

В своем посте ты заявил, что тебя интересует математическое исследование вопроса — это все еще правда? Если да, тогда почему ты не видишь, или не хочешь видеть возможные несоответствия этого исследования?

Я еще подумаю над твоей репликой про отторжение результата.... Нет, если действительно прививка в 10 раз снижает шанс попасть в больницу и умереть для людей 50+, я буду только рада. Так что отторжения результата как такового нет.

Но есть подозрения в подгонке нужного результата к политической agenda, как это было сделано за последние месяцы много раз. Например, введение санитарных паспортов было основано на моделизации института Пастера, которая показывала 50 000+ ежедневных заражений к началу сентября. Паспорта ввели, заражений было в день 4000 -5000, то есть ошиблись в десять раз. При этом ошибку не признали, паспорта до сих пор с нами.

[kalvado.livejournal.com]

И тут, кстати, возникает эффект мальчика, который кричал "волк!!"
в какой-то момент официальной информации приходится переставать доверять, что вообще нежелательно.

[green-fr.livejournal.com]

"Дно" было не к тебе, а в тому варианту, который видел я, и который я искренне надеялся не найти в тебе — не нашёл, твой вариант понял (совпадение результатов исследования с заявленными целями правительства => возможна подгонка), слава богу.

Видеть возможные несоответствия — хочу, конечно же хочу. Потому и читаю то, что ты пишешь. Пока не вижу. И тоже слава богу, потому что мне тоже вывод-то нравится.

[parizanka.livejournal.com]

"Давай предположим, что вакцинированных выводили из исследования не случайно, а с какой-то целью. Как это можно было устроить? За неделю до того, как вакцинированный заболел, найти его пару и насильно вакцинировать? Или как ты себе это представляешь?"

Я уже боюсь что-то писать, чтобы не быть осужденной в "ковидосраче". Вакцинированные в первую очередь выпадали из исследования в первую же очередь — может, потому что эффективность вакцины снижается, а такой метод fifo позволяет этого не замечать? :-) Потому что министерство здоровья спустило заказ, под который и подводятся цифры? Ладно, ты меня сейчас забанишь. (не перестаю извиняться, просто до сих пор я еще не отошла от исследования DREES, которое цитировали все медиа, по которому 9 из 10 болеющих/ умирающих от ковида человек непривиты. Правда, тогда исследователи просто взяли и выкинули половину смертей от ковида за данный период %-) но это флуд и не относится к теме. А к теме относится та мысль, что в когорте 75+ легко предположить, что вакцинированных станет намного больше за время исследования- так зачем было городить это огород с парами?

"Твоя "совершенно гипотетическая, неправдоподобная ситуация" при этом тоже не работает — ведь не 100% вакцинированных не дошли до конца исследования, кто-то да и остался (его пара не вакцинировалась в течение наблюдаемого периода). И тут он заболевает — мы немедленно видим его результат в исследовании"

Согласна, но мы увидим 55% cмертей, а не 100%, что все же не то же самое.


"По поводу "потери 45% данных" я снова не понял. Ты же нашла чёткое описание того, как человека последовательно включили сначала в одну группу, потом в другую — а вывод делаешь, что этого человека вообще не учли"

Подожди. Того, кого включили сначала в одну группу, потом в другую — учли, причем два раза. А вот куда девается вакцинированный из изначальной пары "невак — вак" ? Читаем все ту же страницу 8:

Afin de rendre comparable les groupes « vaccinés » et « non vaccinés », nous avons constitué des couples
(1 personne vaccinée et 1 personne non vacciné), en appariant chronologiquement (de 27 décembre 2020
au 30 avril 2021) chaque sujet vacciné à un sujet non vacciné à la date de vaccination (ou date index) de
mêmes âge (même année de naissance), sexe, région administrative et type de résidence (EHPAD et USLD
avec/sans PUI (pharmacie à usage intérieur)). Ces informations constituent les variables d’appariement.
Les sujets non vaccinés (témoins) ne pouvaient être appariés qu’à une seule personne vaccinée. Si un sujet témoin était vacciné au cours du suivi, le suivi était aussitôt arrêté pour l’ensemble du couple auquel il appartenait, puis le sujet nouvellement vacciné était de nouveau éligible pour être inclus dans la cohorte en tant que vacciné.


Я так понимаю, что изначально вакцинированный из пары "невак-вак" больше не участвовал в исследовании, а ты по-другому понял?

[green-fr.livejournal.com]

Я этот параграф вообще до твоей ремарки никак не понимал, потому что и не читал. Собственно и читаю только потому, что призвал тебя сначала разобраться, а потом критиковать.

Судя по этому тексту, если взять в момент т1 пару Вак1-Невак2, у которой в момент т2 Невак2 стал Вак2, то мы знаем, что в данном исследовании участвовали Вак1 в период с т1 до т2, и Невак2 в период с т1 до т2, а также то, что Вак1 и Вак2 стали потенциально используемыми в исследовании, начиная с момента т2 — при условии, что для них найдётся непарный контрольный Невак3. Согласна с такой интерпретацией текста? Я просто переформулировал то, что написано. И не вижу, как из этого можно вывести твои выводы о двух методологических проблемах в исследовании.

[kalvado.livejournal.com]

Как говорил в свое время товарищ Шомполов, старайтесь в столовке брать то, над чем меньше всего трудились повара — значит у них было меньше шанса испортить продукт.
Такое ощущение, что методики там надо разбирать с пристрастием.

[green-fr.livejournal.com]

Ну так разбирай :-) По мне так куда проще: составили "похожие" пары, отличающиеся только по одному из наблюдаемых критериев — наличию вакцины в организме. И потом смотрели на результаты в каждой паре. Всё.

[kalvado.livejournal.com]

Ну я бы и рад — так вы хоть имена авторов назовите чтоб было как искать! Я их не вижу.

А пары — да, хорошо, если они честны. Честность, как всегда, на совести тех кто писал. А вот манипуляции мне не нра.
Альтернативой могло бы быть, например, изначально случайное сопоставление пар в начале и деление на категории — (1) неизменный статус вакцинации до конца исследования, (2) кто-то привился. Было бы почище.
Ну и как госпожа Парижанка логично упомянула, сложно выбрать изначально равные пары. Из ее цитаты следует, что проблем с сопоставлением там может быть (и будет)

[parizanka.livejournal.com]

Я согласна почти со всем, но вот по следующему высказыванию согласна не до конца:

"Вак1 и Вак2 стали потенциально используемыми в исследовании, начиная с момента т2 — при условии, что для них найдётся непарный контрольный Невак3" :

— пары составлялись "а la date de vaccination", значит пара вак2-невак3 вполне могла иметь место, и скорей всего имела, но пара вак1-невак3 -нет. то есть я продолжаю утверждать, что вак1 переставал отслеживаться с момента t2, и судьба вак1 с момента t2 в исследовании не известна, что с моей точки зрения является перекосом и может негативно влиять на конечные выводы

[green-fr.livejournal.com]

Да, действительно, похоже, что Вак1 вылетает из исследования. А почему тебе кажется, что это может иметь негативный эффект на выводы? А не наоборот, позитивный? Или вообще, без эффекта?