ну хотя бы потому, что — как @парижанка указывает — когорты получились в итоге явно сдвинутые.
Я не могу прочитать текст сплошняком, понятно, поэтому могу и ошибаться. НО.

Подбирали не так много параметров — пол, возраст, регион; и дома престарелых (почему их не выделить вообще, к слову?). Точной подгонки в парах нет. При том обьеме данных можно было сделать вполне достойные по обьему группы сопоставимых по бОльшему числу параметров.

В итоге, например, среди невакцинированных много больше людей со слабым здоровьем. Их как в пары ставили — с учетом или нет? Видимо нет. И значит невакцинированные получили гандикап с этой стороны.
То есть есть изначальная неоднородность кто привился, и тогда надо фильтровать и выравнивать, (чего видимо не сделали), либо получается перекос в нужную сторону который устраивает.
Это все может и не криминал в каждой конкретной строке, перекосы не очень велики и разнонаправленны, но в комплексе создает ощущение что хотят сказать все, кроме главного.
То есть, повторюсь, другой возможный подход — фиксированные когорты, которые формируются изначально; возможно зная вакцинируется ли человек в конце концов — и нормировка. Это ИМНО честнее и логичнее.

ПС. Таблицы явно не пересматривали. Куча опечаток "11" вместо "1". Опять таки не криминал, если не предполагать что логичнее было бы использовать одинаковые формулы в клетках... Мелочь — но опять таки...