Я не совсем понимаю последнюю фразу. Ты апостиль видела когда-нибудь? Там нет "части документа", никакого "единого реестра". Вот пример апостиля (http://www.apostil.info/apostille_example.php), там только информация о том, что документ является официальным.

По поводу презумпции - представь, что у тебя требуют диплом. Ты предоставляешь какую-то бумагу с переводом. Как чиновник может знать, показываешь ты диплом официального ВУЗа, или левых курсов? Это не большая презумпция виновности, чем само требование предоставить диплом.