Я вряд ли смогу найти ответ на вопрос, которым безуспешно задаются умные люди уже много времени :-) Я лучше про этимологию слова "секунда" отвечу — насколько я понимаю, вы недалеко от истины, только считали не стрелочки, а деления часа. Первое деление — на минуты, второе деление — на секунды.

Про то же, что измеряют часы — проще всего ответить "без ответа". Часы с маятником считают количество колебаний маятника. Солнечные часы — тень от гномона. Ну и так далее. И на самом деле всё так и есть. Просто мы "видим" некий концепт времени, и давно уже видим совпадение каких-то физических явлений (тень, маятник) с нашим ощущением этого концепта. И долгое время мы отождествляли измерение явлений — с определением концепта времени. Именно об этом я попытался сказать в пассаже про "структуру времени". Та интуитивно введённая переменная, которая нам казалась очень удобной для описания окружающего мира, оказалась удобной, но постепенно мы пришли к выводу, что то простое определение, которые мы ей давали, не работает. Переменная времени не является абсолютной. Вот эта "структура" изменилась — вместо картинки, что "время везде одно и то же", мы получаем нечто слегка более сложное. Более того, мы получаем очень красивую связку между временем и пространством — определение которого тоже я не возмусь дать (разве только в духе "одна из переменных физики").

То есть да, наверное использование знакомых в других контекстах слов ("структура") может запутать. Но изначально их используют для того, чтобы навести нашу интуицию на правильный путь. А уже потом заниматься наукой — в надежде, что по проторенной дорожке формулам будет проще заезжать.