Давай предположим, что вакцинированных выводили из исследования не случайно, а с какой-то целью. Как это можно было устроить? За неделю до того, как вакцинированный заболел, найти его пару и насильно вакцинировать? Или как ты себе это представляешь?

Твоя "совершенно гипотетическая, неправдоподобная ситуация" при этом тоже не работает — ведь не 100% вакцинированных не дошли до конца исследования, кто-то да и остался (его пара не вакцинировалась в течение наблюдаемого периода). И тут он заболевает — мы немедленно видим его результат в исследовании.

По поводу "потери 45% данных" я снова не понял. Ты же нашла чёткое описание того, как человека последовательно включили сначала в одну группу, потом в другую — а вывод делаешь, что этого человека вообще не учли.