...еще один аспект: могут появиться методыисследования, которым нужен материал - который реставрация разрушает...

Безусловно! Я так понимаю, когда археологам попадается «слоеный пирог» из разных веков, приходится принимать стратегическое решение — до какого века копать, когда следует остановиться (вдруг там дальше ничего интересного нет) или вообще лучше не трогать до лучших времён. :-)