Я думаю, в следующих версиях матлаба это неудобство исправят и перейдут на ленивую преаллокацию: будут на требование зарезервировать 500000 строк ничего не делать и мгновенно возвращать успех; а потом внутри по мере надобности добавлять по одной строчке.