Я думаю, дело в том, что использование курсива для тех же иностранных слов у нас - это слабая конвенция. Можешь использовать, а можешь и не. А в японском - это существенно более строго.

Наверняка в словарях они идут отдельно, то есть для той же "алфавитной сортировки" нужно чётко понимать, какой символ перед тобой. Это "А" катаканы или "А" хираганы. Как с кириллической и латинской - там вообще буквы одинаковые, но это всё равно две разные буквы.

А так да, теоретически можно было бы считать одной азбукой.