Да никакой это не контрпример. Просто надо очень четко проводить разницу между буквой и звуком. В русском языке без специального опыта это трудно, орфография не очень помогает, а то и мешает.

Смотри: есть буква Р, а есть два разных согласных звука, твердый и мягкий. В слове "утро" есть твердый звук р. В слове "утречко" есть мягкий звук р'. Забудь на секунду, как это слово пишется, скажи его вслух и послушай себя - ты слышишь мягкий согласный звук? Слышишь (если есть сомнения, повтори много раз ррррр и рьрьрьрьрьрь). Значит, надо писать "е". То, что в родственном слове "утро" есть твердый согласный звук р, ничего в данном случае не значит. Это чередование такое. Бывает довольно часто, по целому ряду причин, как регулярных с конкретными суффиксами (дом - домик), так и окказиально, в данном случае. Нет какой-то глубинной причины, по которой не могло быть в русском языке слова, подобного "утречко", но в котором р была бы твердым согласным. Такое слово тогда писалось бы "утрочко". Есть же слово "ведерочко", например. У тебя нет проблем с его произношением и не ощущается надобность выпячивать о, правда? Так и с "утрочком" не было бы. Но язык сложился по-другому, и в этой форме согласная мягкая, для того, чтобы изобразить это на письме, подходит е.

Еще раз: есть "парный согласный" р, в том смысле, что он существует в двух разновидностях, два разных звука, твердый и мягкий. Правило говорит: пишем О после твердых парных, Е в других случаях. В слове "утречко" у нас МЯГКИЙ парный р, поэтому пишем е. В слове "утро" у нас ТВЕРДЫЙ парный р. Если есть сомнения, какой звук, можно сказать вслух и послушать.